Не люблю PortableApps. Но и инсталляторы не люблю. Подавляющее большинство программ распаковываю с помощью Universal Extractor, вычищаю лишние файлы и кидаю в папку "D:\Programs\Portable programs". Если программа не распаковывается, но я знаю, что она может работать без инсталляции, то я инсталлирую ее, копирую папку в "D:\Programs\Portable programs" и анинсталлирую первую версию. Ну и третий тип программ - системозависимые, например, MS Office (их можно сделать портабельными, но с помощью доп. утилит). Такие проги приходится инсталлировать.
В остатке имею только 3-4 проги под инсталляцию, а остальные работают сразу после переустановки системы (имея настройки у себя в папках). И конечно они же работают и на других компах, если скопировать на флешку/USB-HDD...
Пока с ситуациями, когда надо конспирироваться я не сталкивался, поэтому видимо и не люблю PortableApps.
З.Ы. Fx может хранить настройки в своей папке, но при переносе на другой компьютер надо подключать аддоны заново...