1. Модуль подключения монитора является частью видеодрайвера, устанавливается в систему после установки видеодрайвера. Когда система обнаруживает себя в новом железном окружении, то обязательно переопределяет драйвера, в том числе и модуль подключения монитора. Винда запрограммирована работать именно так, иначе нормально работать не будет.
2. Тихая установка драйверов после клонирования не предусмотрена программой Acronis True Image. И сама винда такого не поддерживает в установленном виде (только на этапе установки с нуля). Если используете нормальную мышь (не USB), тогда не будет проблемы с нажатием мыши.
3. Если устанавливаете систему на десктоп, тогда можно попробовать "нормальные" клавиатуру и мышь (т.е. на разъёме PS\2), они определяются ещё в БИОСе, до загрузки системы. Соответственно, на ноутбуке, PS\2-мышью является тачпад, тоже работает сразу, без установки дополнительного драйвера.