Вообще-то Windows в отличии от других ОС думает что на съемном устройстве,флешке, может быть только  один раздел и ты не как не сделаешь два раздела стандартными возможностями Windows.

Но умельци нашли как это сделать http://greenflash.su/publ/13-1-0-46
 ВНИМАНИЕ!!! НА СВОЙ СТРАХ И РИСК, может превести флешку к выходу из строя!!!