Это фича Windows XP, что при включенной сетевой карте и без подключения все равно в трее висит значок. Вы точно знаете, что в других сборках такой фичи нет? Думаю, что даже через реестр это не изменить, такая возможность не предусмотрена (если ошибаюсь, то ничего страшного).
Хотел уточнить, сетевая карта включена в диспетчере устройств или выключена? Если она не используется, то можно просто отключить, значок тогда точно пропадет, и системных ресурсов выделяться будет меньше. Я предложил простой ответ, подходящий для большинства пользователей, хотя понимаю, что судя по вашему опыту с компьютерами, не сказал вам ничего нового, просто сказал, как будет проще и без запарки.
А изменять системные файлы Windows XP под себя - это интересная тема, но боюсь, вне пределов задач, стоящих перед форумом GE. Такие задачи решаются на других специализированных форумах по созданию дистрибутивов, не мне вам говорить, где именно.
На счет лишних файлов в автозагрузке - это полезное наблюдение. Пользуюсь сборкой 1.1.0, в msconfig и ccleaner данных служб не увидел (кто знает, может быть, утилита от m$ не показывает собственных шпионских программ). Поэтому сообщите, какой программой вы их нашли и в какой сборке, для общего развития других участников форума.