winnt32.exe Это из под XP инсталяции (будь то PE не важно главное это - 32-разрядное приложение), а winnt.exe это для инстоляции из под ОС DOS 16 - разрядное приложение. Этот метод настолько старый мля что подробности я не помню.сделано это короче говоря для перехода со старых 95-х и 98-х WIN-ов которые с досом были на "ты", но в принципе если winnt.exe запустить, и всё что для её надо есть в дистрибутиве. всё должно получится. Короче говоря НаШеЙ сборки это не косается.!!!(лично моё мнение).
А ntfs зря ругаеш! ntfs это родна ФС (файловая система) ОС семейства NT. Которая продумана что бы мы "юзеры неграмотные" не потеряли свои данные - фотографии и прочее ... кино - вино -домино из за всяких збоев и прочих ... (с линуксовыми фс NTFS я не сравниваю .... промолчу)..