Если при установке системы выдавало ошибку копирования каких-то файлов, значит, действительно были такие ошибки. И установщик винды сам пишет, что после таких ошибок стабильная работа системы не гарантируется. Есть несколько возможных причин.
1. Болванка поцарапанная, либо пишущий привод уже сдает. В шапке темы указано, что записывать нужно с проверкой файлов после записи (без понятия, делали вы это или нет). Если при проверке выдает ошибки записи, это уже значит, что не стоит пытаться с такого диска ставить систему.
2. Многие новички считают, что достаточно отформатировать раздел самим установщиком Windows. Поэтому, прочтите FAQ#44 (как подготовить жесткий диск перед установкой Windows), почерпнете полезные советы.
3. Очень вероятно, что у вас есть ошибки чтения на самом жестком диске (возможно, даже бэд-сектора). Поэтому, чтобы точно проверить, запустите тест поверхности вашего жесткого диска в программе Victoria или HDTune. Либо хотя бы для начала запустите в командной строке chkdsk C: /f /r (процесс пойдет после перезагрузки). Если файлы Microsoft .NET Framework были записаны как раз на битые или сбойные сектора, то вот вам и причина резко появившихся тормозов.