Кто подскажет в чем может быть дело?
Создавал пустой раздел, файлы заливал с другого ПК по LAN и скачивал из интернета.
Дефрагментацию сделаю позже, но все же интересно почему заполнялся с конца)

Возможно из-за этого:

Modern
Поскольку Defraggler использует API Windows, то опция перемещения файлов в конец диска может прописаться не только в настройках программы, но и в системе и начать выполнение этого режима еще до запуска самой дефрагментации. Для ОС это не режим перемещения, а режим размещения файлов на диске.

Кроме этого, возможна еще одна, более простая причина - если HDD относительно новый и не все свободное пространство занято удаленными файлами, то система пишет новые файлы сначала в не занятое пространство, а потом, по мере его заполнения, начинает писать поверх удаленных файлов. У вас не занятое пространство HDD оказалось ближе к концу диска - вот туда поначалу и шло сохранение новых файлов.

Выбирайте сами, какая из причин вам больше нравится