У меня была подобная проблема, еще на другой сборке (не GE). Ставил встроенные в ту сборку драйверпаки не в той последовательности, что было предусмотрено, и в результате тоже устанавливалась голая суперлегкая винда с классической темой и без встроенных программ и настроек. В том случае сбилась работа скрипта, который на 13 минуте до конца устанавливает пакеты из папки SvcPack. В данном случае больше похоже на ошибки в самом скачанном ISO-образе, из-за которых данный скрипт тоже нормально не запускается. Советую перекачать образ сборки заново и проверить md5-сумму, чтобы точно удостовериться, что ошибок больше нет.
Стандартная виндовая утилита для проверки диска CheckDisk (пуск\ выполнить \cmd, там набрать chkdsk c: /r /f) Выполнит после перезагрузки. Имелись в виду профессиональные программы по проверке жесткого диска (Victoria, MHDD, утилиты от производителей жесткого диска в составе Hiren BootCD). Такие проги есть во многих дисках разных сборок ХР, а также в меню загрузочной флешки USB Game Edition Full. Данные программы не предназначены для установки в винду, они запускаются в собственной DOS-среде при загрузке с DVD-диска или флешки.