Modern, размер файла на диске будет тем ближе к реальному размеру файла, чем меньше размер кластера при форматировании. НО, если кластеры будут слишком маленькими (512 байт например), а винчестер у вас большой, то, соответственно, уменьшится скорость доступа к данным на диске, т.к. нужно больше кластеров просмотреть операционке. С другой стороны, в случае использования маленьких кластеров, вы экономите дисковое пространство. Одним словом, если у вас достаточно большой винчестер по современным меркам, то можно сделать кластер побольше.
На счёт файловой системы. Если бы была обычная флешка, то можно было бы в её свойствах выставить параметр "оптимизировать для выполнения" (Свойства - Оборудование - снова Свойства на устройстве - Политика) и отформатировать в NTFS. Но не все телефоны её понимают. Например мой старый смартфон норм работает и с НТФС (вроде), а Х2 говорит флешка не отформатирована и понимает только ФАТ.
А повышенный размер "на диске" объясняется очень просто - у вас припустим размер кластера = 4 кБ. Тогда файл размером 5 кБ не влезет в один кластер и будет занимать 2 кластера = 8 кБ. Чем больше файлов - тем больше места теряется при большом размере кластера))
