1. Фрагментация файлов на флеш-накопителях вообще не влияет на скорость доступа к ним и на нагрузку на электронику флешки при считывании\записи информации.
2. Ячейки памяти в флеш-накопителе расчитаны на ограниченное количество циклов записи\перезаписи. Только 100 тыс. раз.
Соответственно, дефрагментация флеш-накопителей не повышает их быстродействия, зато серьезно сокращает срок их службы.
Также отрицательно на флешку влияет ее использование для ReadyBoost в Vista\Win7, поскольку использование части флеш-памяти в роли файла подкачки предполагает многократную запись\перезапись ячеек памяти на флешке с большой частотой. Кроме того, оперативная память все равно работает быстрее, чем флешка (у флешки слабым местом, ограничивающим скорость, является сам интерфейс USB2, скорость работы которого во много раз ниже, чем скорость считывания\записи внутри самого флеш-накопителя.
Если сильно хотите навести порядок на флешке и добиться меньшей фрагментации файлов (хотя бы для сравнения скорости работы), советую перебросить все содержимое флешки на жесткий диск, форматнуть ее и забросить содержимое обратно за один прием (хорошо получается через Total Commander). Получаем "дефрагментацию" за один цикл перезаписи данных (вместо сотен в случае настоящей дефрагментации).
Для дефрагментации жесткого диска (NTFS) использую Raxco PerfectDisk. На вкус и цвет товарища нет, но таково мое предпочтение. В данной утилите основным способом дефрагментации есть стратегия планирования (Smart Repalcement). Редко изменяемые файлы (больше 2 мес без изменения) перемещаются в логическое начало раздела, затем ложатся файлы со средней давностью изменения (1-2 мес), потом - часто изменяемые файлы. Таким образом, файлы, часто создающие фрагментацию, лежат отдельно от не создающих фрагментации. При очередной дефрагментации старые файлы, которые не изменялись, так и остаются лежать на своем месте, дефрагментатор их пропускает, обрабатываются и передвигаются в основном часто изменяемые файлы (источник фрагментации).
Часто, настраивая винду народу, составляю для игр отдельный раздел, чтобы они не были вместе с документами и видео. Игры, к сожалению, часто бывают источником заражения компа мелкими, малозаметными троянами и руткитами, есть определенный риск потерять данные на всем разделе при удалении некоторых зараженных игр.
Некоторые просят выделить отдельный большой раздел для видеофайлов. В таком разделе можно выставить огромный размер для кластеров (16, 32 или 64 кБ). Это приводит к некоторой потере места в случае размещения на таком разделе мелких файлов (а фильмы - явно не мелкие файлы), зато ускоряет работу раздела и уменьшает количество обращений к нему при считывании\записи, это замедляет процесс физического износа жесткого диска. Особенно полезно, если данное видео находится в постоянном скачивании\раздаче по торренту, ведь в таком случае к разделу с видеофайлами идет постоянное обращение, чтение-запись.
На документы, музыку, фотки и электронные книги достаточно стандартного размера кластеров (чтобы экономнее использовать место). Папки с документами, инсталлятами и электронными книгами можно вообще сжать (сжатие NTFS), это хорошо сэкономит место на мелких файлах, изменение, и соответственно, фрагментация, которых происходят крайне редко. Большие массивы электронных книг можно вообще архивировать. Кроме серьезной экономии места (до 5 раз) это даст серьезное уменьшение общего количества файлов на диске, что приведет к ускорению работы раздела и уменьшению времени на дефрагментацию. Советую создавать архивы небольшого размера (от 10 до 100 Мб), чтобы время считывания данных архивов (когда нужно прочесть документ) было недолгим. Сильно крупные файлы тяжелее дефрагментировать, для них тяжело найти на диске кусок свободного места, чтобы поместить их целиком, без разделения.