-DED-, у себя такого не наблюдаю (версия репака от 2017.1.10, проверял на 3-х разных движках).
Но даже если и так, то на работу расширения влиять не должно да и временные логи периодически обновляются - старому присваивается файловое расширение ".old", а новый лог - с новым номером.
Данные самих шаблонов хранятся не в логах, а в базах данных аддона и не должны пострадать, даже если Вы эти логи удалите.